Mäuse sind Nasentiere, die ihre Wege und Einrichtungsgegenstände markieren. Die Reinigung ihres Geheges muss daher mit Bedacht erfolgen. Die Reinigung ihres Geheges bedeutet großen Stress für kleine Mäuse. Mäuse orientieren sich stark an Duftspuren, mit denen sie Wege und Gegenstände ihres Reviers markieren. Diese werden bei einer Komplettreinigung vielfach beseitigt, was zu Chaos in der Mäuseordnung führt. Je nach Anzahl der Tiere, der Größe des Geheges und der Dicke der ausgelegten Streu, variieren die Reinigungsintervalle von Gehege zu Gehege. Eine wichtige Rolle spielt hier in erster Linie die menschliche Nase.
Mäuse sind sehr reinliche Tiere. Sie legen viel Wert auf Körperpflege und Hygiene, vor allem in ihrem Nest. So beseitigen Mäuse verschmutztes Nistmaterial häufig eigenständig und ersetzen es gegen frisches. Wenn es um Pipiecken geht, ist dann aber doch der Halter gefragt. Bei diesen muss regelmäßig die Streu gewechselt werden. Wer Glück hat, kann seiner Mäusebande beibringen eine Schale mit Chinchillasand als Klo zu benutzen. Das erleichtert die Reinigung. Auch die Einrichtungsgegenstände des Mäuseheimes benötigen ab und zu eine Reinigung mit heißem Wasser. Hier empfiehlt sich ebenfalls die Teilreinigung.