Mäuse sind sehr reinliche Tiere. Sie legen viel Wert auf Körperpflege und Hygiene, vor allem in ihrem Nest. So beseitigen Mäuse verschmutztes Nistmaterial häufig eigenständig und ersetzen es gegen frisches. Wenn es um Pipiecken geht, ist dann aber doch der Halter gefragt. Bei diesen muss regelmäßig die Streu gewechselt werden. Wer Glück hat, kann seiner Mäusebande beibringen eine Schale mit Chinchillasand als Klo zu benutzen. Das erleichtert die Reinigung. Auch die Einrichtungsgegenstände des Mäuseheimes benötigen ab und zu eine Reinigung mit heißem Wasser. Hier empfiehlt sich ebenfalls die Teilreinigung. Nehmen Sie sich lieber nur ein bis zwei Einrichtungsgegenstände vor, und stellen Sie diese unbedingt wieder an ihren ursprünglichen Ort. Ein Komplettwechsel der Streu sollte zudem niemals gleichzeitig mit der Reinigung des Inventars einhergehen. So wird unnötiger Stress vermieden. Großer Vorteil der Teilreinigung ist, dass die Mäuse ihr Gehege weniger stark markieren, da nicht alle Duftmarken entfernt werden.